Universitas Muhammadiyah Gorontalo memiliki tujuh fakultas dan enam belas program studi:
- Fakultas Ilmu Kesehatan
- Program Studi Keperawatan + Ners (S.Kep, Ns) – Terakreditasi B
- Program Studi Kebidanan (S.Tr.Keb) – Terakreditasi B
- Program Studi Psikologi (S.Psi) – Terakreditasi Baik
- Fakultas Sains dan Teknologi
- Program Studi Sistem Informasi (S.Kom) – Terakreditasi B
- Program Studi Ilmu Komputer (S.Kom) – Terakreditasi Minimal
- Program Studi Geografi (S.Si) – Terakreditasi B
- Program Studi Agribisnis (S.Agr) – Terakreditasi B
- Program Studi Peternakan (S.Pt) – Terakreditasi B
- Program Studi Budidaya Perairan (S.Pi) – Terakreditasi B
- Fakultas Ilmu Sosial
- Program Studi Sastra Inggris (S.S) – Terakreditasi B
- Program Studi Sastra Arab (S.S) – Terakreditasi B
- Program Studi Pariwisata (S.Par) – Terakreditasi Baik
- Program Studi Adminstrasi Publik (S.AP) – Terakreditasi B
- Program Studi Ekonomi Pembangunan (SE) – Terakreditasi B
- Program Studi Akuntansi (S.Akun) – Terakreditasi B
- Program Studi Ilmu Hukum (S.H) – Terakreditasi Baik
- Fakultas Keguruan dan Ilmu Pendidikan
- Program Studi Pendidikan Guru SD (S.Pd) – Terakreditasi Baik
- Program Studi Ilmu Keolahragaan (S.Or) – Terakreditasi Minimal